شبیه‌سازی دینامیک مولکولی کمپلکس

عنوان پروژه: توضیحات پروژه (ساده‌سازی‌شده): انجام شبیه‌سازی دینامیک مولکولی (Molecular Dynamics) برای یک کمپلکس شامل لیگاند گیاهی و گیرنده جانوری. فایل‌های ورودی ساختار سه‌بعدی (PDB/MOL2) آماده هستند. استفاده از جعبه آب (Water box)، یون‌های خنثی، و شرایط فیزیولوژیک در شبیه‌سازی. تولید توپولوژی لیگاند با استفاده از LigParGen یا acpype. طول شبیه‌سازی حداقل 20 نانوثانیه. خروجی‌ها شامل: نمودار RMSD در طول زمان نمودار H-bond در طول زمان نمودار RMSF نمودار Rg فایل‌های خام خروجی (Log files و trajectory files) یک Snapshot از ساختار نهایی کمپلکس با نمایش لیگاند در محل اتصال هدف اصلی: آماده‌سازی داده‌ها و خروجی‌ها برای استفاده در انتشار مقاله علمی. نرم‌افزار مورد نیاز: GROMACS LigParGen یا acpype (برای تولید توپولوژی لیگاند)