101217 - پروژه شرودینگر / GOLD

برای انجام پروژه خودم بخشی از کارم که نتایج ایکس ری نداره; آماده کردن کمپلکس های فلزی(4کمپلکس) و دو لیگاند به صورت سه بعدی و با پسوند.sdfو pdb هست. که برای اینکار نیاز به گوسین دارم . با توجه به اینکه در سیستم خودم احتمالا خیلی زمانبر بشه (سیستم 5corei) آیا امکان آماده کردن مولکولها به صورت سه بعدی pdb هست که بتونم برای پیش بردن کارم استفاده کنم . و خیالم راحت باشه مولکولها کامل و بدون شکستگی در پیوندها هستند. و در صورت پذیرش؛ یک مولکول را خدمتتان بدهم و کار را با آن تست کنم اگر جواب قابل قبول بود زحمت بقیه مولکولها رو هم بکشید. رشته شیمی من نتایج رو برای داکینگ با نرم افزارهای شرودینگر و GOLD لازم دارم. فرمت هام باید pdb باشه و اگر با openbsbel فرمت ها رو بخوام تغییر بدم مشکلی نداشته باشم. اما فرمتهایی که لازم دارم pdb; sdfوmol2 هست. و اینکه پیوندها جدا نشه. که ساختار رو با Chemdraw رسم کردم و وارد chem3d کردم پیوندهای فلز به حلقه سیکلو پنتا جدا میشد . که بررسی کردم و انجام دادم که اگر با اواگادرو رسم بشه بعد وارد chem3d که در اینجا به فرمت gjf دربیاد برای گوسین پیوندها مشکلی ندارند. من میخواستم یک هفته ای داشته باشم . 8536