100983 - پروژه نرم افزار R

سلام وقتتون بخیر، من یه کار بیوانفورماتیک برای پروپوزالم دارم که مربوط به بررسی بیان دو تا ژن در سلول‌های سرطانی و سالم هستش با استفاده از نرم‌افزار R، و یک گزارش از تمام مراحل هم میخوام، شما میتونید انجام بدین؟ 1. جمع‌آوری داده‌ها (Data acquisition): در این مرحله، داده‌های miRNA و RNA از نمونه‌های مربوط به بیماران COAD و نمونه‌های کنترل طبیعی جمع‌آوری می‌شود. این داده‌ها از منابع مختلف مانند TCGA استخراج شده و برای تحلیل‌های بعدی آماده می‌شوند. داده‌ها از طریق پلتفرم GDC (https://portal.gdc.cancer.gov/) به دست می‌آیند. 2. تحلیل بیان miRNA در COAD (Differential expression analysis): در این بخش، بیان miRNAها و mRNAها در نمونه‌های COAD و نمونه‌های کنترل طبیعی مقایسه می‌شود. با استفاده از ابزارهای آماری و نرم‌افزارهای تحلیل داده مانند DESeq2 و edgeR، miRNAها و mRNAهایی که در بیان تفاوت دارند (DEmiRNAs و DEGs) شناسایی می‌شوند. برای تعیین اعتبار نتایج، از FDR کمتر از 0.01 و log2 FoldChange بیشتر از 1.5 استفاده می‌شود. 3. پیش‌بینی عناصر پاسخ miRNA (MREs): در این مرحله، برای شناسایی عناصر پاسخ miRNA در lncRNAها از ابزار DIANA-LncBase version 3 استفاده می‌شود. این ابزار به شناسایی تعاملات احتمالی miRNA با lncRNAها کمک می‌کند و به تحلیل روابط بین miRNAها و lncRNAهای مختلف پرداخته می‌شود. 4. پیش‌بینی تعاملات miRNA-mRNA (Prediction of miRNA-mRNA interactions): در این بخش، از TarBase v9.0 برای شناسایی تعاملات میان miRNAها و mRNAها استفاده می‌شود. این مرحله کمک می‌کند تا مشخص شود کدام miRNAها می‌توانند بر بیان mRNAهای خاص تأثیر بگذارند. 5. ساخت شبکه‌های تنظیمی lncRNA/miRNA/mRNA (Construction of lncRNA/miRNA/mRNA regulatory networks): در این قسمت، با استفاده از Cytoscape (V 3.10.1)، شبکه‌های تنظیمی lncRNA/miRNA/mRNA ساخته می‌شود. این شبکه‌ها به بررسی ارتباطات و تنظیمات پیچیده میان این مولکول‌ها کمک می‌کنند. 6. تحلیل همبستگی (Analysis of Correlation): در این مرحله، همبستگی میان miRNAها و mRNAها بررسی می‌شود. تحلیل همبستگی کمک می‌کند تا مشخص شود که آیا رابطه‌ای معنی‌دار بین miRNAها و mRNAهای خاص وجود دارد یا خیر. از p-value کمتر از 0.05 برای این تحلیل استفاده می‌شود. 7. تحلیل نفوذ ایمنی (Immune Infiltration Analysis): در این مرحله، با استفاده از ابزار TIMER (https://timer.gismap.research.edu.cn/), ارتباطات میان سلول‌های ایمنی (CD4+ T cells) و وضعیت بالینی بیماران بررسی می‌شود. این تحلیل به شناسایی نقش سلول‌های ایمنی در سرطان COAD کمک می‌کند. این کل مراحل کاری هست که برای پروپوزالم لازم دارم. موضوع کولون کنسر هست و بیان ژن های NEAT1 و SIRT1 رو بررسی میکنم هر چی سریعتر انجام بشه که بهتره ولی دیگه حداکثر تا 10 روز دیگه نیاز دارم که انجام بشه حتما 5369