آموزش داکینگ مولکولی با نرم افزار Molegro Virtual Docker
داکینگ یک الگوریتم خودکار کامپیوتری است که نحوه اتصال یک ترکیب به جایگاه فعال پروتئین را مشخص می کند. داکینگ یکی از پرکاربردترین ابزارها، برای طراحی محاسباتی دارو می باشد. نرم افزارهای مختلفی برای انجام این فرایند موجود می باشد که در این فرادرس به آموزش انجام داکینگ با استفاده از نرم افزار Molegro Virtual Docker خواهیم پرداخت. استفاده از این نرم افزار راحت و نتایج قابل قبول و با دقت و صحت بالایی را ارائه می دهد. در این فرادرس قسمت های مختلف نرم افزار بررسی شده و نحوه تعریف یک پروژه طراحی دارو و غربالگری ترکیبات مناسب تر از بین تعداد زیاد ترکیبات در دسترس ذکر شده است.
- درس یکم: مقدمه ای بر داکینگ مولکولی
- مقدمه و ضرورت موضوع
- معرفی و کاربرد نرم افزار
- پایگاه های داده مورد نیاز
- درس دوم: روش انجام داکینگ مولکولی با نرم افزار Molegro Virtual Docker
- بررسی قسمت های مختلف نرم افزار
- آماده سازی پروتئین برای داکینگ
- آماده سازی لیگاند برای داکینگ
- انجام داکینگ مولکولی
- بررسی نتایج با استفاده از Molegro Molecular Viewer
- تفسیر نتایج
- درس سوم: تعریف یک پروژه و داکینگ مولکولی
- تعریف یک پروژه طراحی دارو
- پایگاه داده RCSB Protein Data Bank
- پایگاه داده ZINC
- داکینگ پروتئین و لیگاند مورد نظر
- مشاهده و تفسیر نتایج
منبع:
فرادرس