simulation and docking

من دانیال دهناد هستم. ما ایزوله پروتئین سویا را با پلاسمای سرد تیماردهی کرده ایم و می خواهیم با شبیه سازی بگوییم که پروتئین تحت تاثیر پلاسما دناتوره شده است (یعنی از هم باز شده است). به این منظور، چند پارامتر ظاهرا باید ارزیابی شوند که شامل Rg، RMSD، RMSF، و DSSP می باشند که در مقاله مشابه آورده شده است. مقاله مشابه را ضمیمه کرده ام. من زیاد سردرنیاوردم که با چه نرم افزارهایی کار کرده اند ولی ظاهرا یک قسمت از کار را با GROMACS کار کرده اند و یک قسمت را هم با AutoDock کار کرده اند. خودتون می توانید قسمت Molecular simulation را در مقاله ضمیمه شده نگاه بیاندازید. در این مقاله ضمیمه شده، ذرات پروتئین گلیادین در اسید استیک دناتوره شده است. نکته مشابه مقاله ضمیمه شده با مقاله ما در این است که در هر دو کار دناتوره شدن و بازشدگی پروتئین اتفاق افتاده است. از لحاظ مالی محدودیت ندارم چون هزینه اش رو استادم پرداخت می کند ولی دقیق و سریع نتایج رو میخوام. ممنون.