.معاونت امور گمرکی . معاونت حقوقی

معاونت امور گمرکی که شامل دفاتر امور واردات، امور صادرات و اداره کل تعیین ارزش و تعرفه است. معاونت حقوقی که شامل اداره کل نظارت بر ترانزیت، اداره کل بازبینی و دفتر حقوقی قضایی است. معاونت اداری و مالی که شامل اداره کل خدمات و تدارکات، امور اداری، امور مالی و دفاتر ساختمان و طرح‌های عمرانی و تشکیلات و بودجه است.